Επιστήμονες υψηλού κύρους, σε πανεπιστήμια που χαίρουν ιδιαίτερης αναγνώρισης, ερευνητικά ιδρύματα και νοσοκομεία ανά τον κόσμο διεξάγουν έρευνες σχετικές με την Ομοιοπαθητική: υψηλής ποιότητας βασική έρευνα, κλινική έρευνα και κτηνιατρική έρευνα και χρησιμοποιώντας την ίδια μεθοδολογία που χρησιμοποιείται και στην έρευνα των χημικών φαρμάκων και των λοιπών ιατρικών παρεμβάσεων, αναφέρουν θετικά αποτελέσματα που δημοσιεύονται σε έγκριτα (peer-reviewed) επιστημονικά περιοδικά. Έτσι, αν και η έρευνα στο πεδίο της Ομοιοπαθητικής είναι σημαντικά υποχρηματοδοτούμενη συγκριτικά με τη συμβατική ιατρική, ο αριθμός των καλώς εργασιών και των αντίστοιχων δημοσιεύσεων συνεχώς αυξάνει. Τα τελευταία χρόνια έχουν δημιουργεί και σημαντικές ερευνητικές ομάδες διερεύνησης της αποτελεσματικότητας της Ομοιοπαθητικής και δραστικότητας των ομοιοπαθητικών φαρμάκων. Για περισσότερες πληροφορίες σχετικά με την έρευνα στην Ομοιοπαθητική επισκέψου την ιστοσελίδα του Homeopathy Research Institute.

Ως το 2014, 189 τυχαιοποιημένες ελεγχόμενες μελέτες για 100 διαφορετικές παθήσεις είχαν δημοσιευτεί σε peer-reviewed επιστημονικά περιοδικά. Από τις 104, στις οποίες υπήρχε σύγκριση με εικονικό φάρμακο (placebo), 41% είχαν θετικά για την Ομοιοπαθητική αποτελέσματα, 5% αρνητικά ενώ το 56% αυτών δεν κατέληξε σε οριστικά συμπεράσματα. Τα ποσοστά αυτά είναι συγκρίσιμα με αυτά που αφορούσαν σε μελέτες με συμβατικά φάρμακα. Κατά την ανασκόπηση αντίστοιχα, 1016 τυχαιοποιημένων μελετών με συμβατικά φάρμακα, 44% κατέληξαν σε θετικά ευρήματα (δηλαδή, στο ότι οι θεραπείες ήταν επωφελείς), 7% σε αρνητικά ενώ 49% δεν μπόρεσαν να αποφανθούν οριστικά. Τα ποσοστά είναι τα ίδια, οπότε η Ομοιοπαθητική ποσοστιαία δεν υπολείπεται σε τεκμηρίωση. Yπολείπεται μόνο σε αριθμό δημοσιευμένων ερευνών (πράγμα εύλογο αφού αποτελεί νέο πεδίο έρευνας και μάλιστα υποχρηματοδοτούμενο). Οπότε, ο ισχυρισμός ορισμένων ότι δεν υπάρχει τεκμηρίωση της είναι αβάσιμος. Πάντως, απαιτούνται περαιτέρω μελέτες στον τομέα της Ομοιοπαθητικής και ζητείται και η ανάλογη χρηματοδότηση αυτών.

Σε όσους θεωρούν ότι η αρχή αυτή δεν έχει επιστημονική βάση τους απαντάμε ότι πρόκειται για το γνωστό στη Φαρμακολογία φαινόμενο της όρμησης (ή νόμο Arndt-Schultz) όπου μια ουσία παρουσιάζει άλλη συμπεριφορά μέσα σε ένα κύτταρο ή έναν οργανισμό όταν χορηγηθεί σε μεγάλη και άλλη όταν χορηγηθεί σε μικρή (ή απειρομικρή) δόση. Με πολλαπλές άλλωστε μελέτες έχει διαπιστωθεί και το φαινόμενο της μετα-πόνησης ή post-conditioning (σε αντιδιαστολή με τη γνωστή προ-πόνηση, preconditioning), κατά το οποίο αφού δοθεί ένα παθογόνο ερέθισμα σε ένα κύτταρο ή ένα οργανισμό, το ίδιο ερέθισμα επαναχορηγούμενο σε απειρομικρή δόση μπορεί να επιφέρει αποκατάσταση. Για παράδειγμα, χορηγείται σε κυτταροκαλλιέργειες που προηγουμένως είχαν δηλητηριαστεί με αρσενικό, ομοιοπαθητική τώρα δόση αρσενικού και το δηλητηριώδες στοιχείο αρχίζει και αποβάλλεται από τις κυτταροκαλλιέργειες, οι οποίες αναρρώνουν. Επομένως, η αρχή των ομοίων και η αρχή της ελάχιστης δόσης είναι ολωσδιόλου επιστημονικές.

Τα πειράματα σχετικά με το ότι το ομοιοπαθητικό φάρμακο, παρότι είναι υπερ-αραιωμένο -τόσο που μπορεί να μην περιέχει καν μόριο της αρχικής ουσίας- παρουσιάζει ηλεκτρο-φυσικές ιδιότητες που ομοιάζουν στο αρχικό διάλυμα από το οποίο προήλθε και όχι σε νερό. Η σχετική βασική έρευνα είναι επιπέδου τεκμηρίωσης Ια, δηλαδή η υψηλότατη, που σημαίνει ότι δεν υπάρχει αμφιβολία για τα παραπάνω. Οι έρευνες αυτές είναι πολλαπλές, προέρχονται από διαφορετικούς μελετητές και έχουν επαναληφθεί ικανοποιητικά. Σχετικά με τα υπεραραιωμένα διαλύματα, ο βραβευμένος με Nobel (για την έρευνά του σχετικά με τον ιό HIV) Luc Montagnieu δήλωσε: «οι υψηλές αραιώσεις μιας ουσίας δεν είναι τίποτε. Είναι δομές νερού που μιμούνται τα αρχικά μόρια.»

Αν κάποιοι ισχυρίζονται κάτι τέτοιο, εικάζοντας εσφαλμένα ότι το ομοιοπαθητικό φάρμακο είναι ‘απλώς νεράκι’, διαβάζοντας την αμέσως προηγούμενη παράγραφο θα διαλύσουν αυτήν τους την πλάνη. Η Ομοιοπαθητική υπερβαίνει τη δράση του placebo όπως αποδεικνύεται από την δραστικότητά της α) σε παιδιά, σε κατασταλμένους ανθρώπους σε μονάδες εντατικής θεραπείας αλλά και σε ζώα, β) σε κυτταροκαλλιέργειες, φυτά και ζώα (δραστικότητα μετρήσιμη στα πειράματα στο εργαστήριο) και γ) σε ανθρώπους, όπως καταγράφεται σε υψηλής ποιότητας κλινικές μελέτες ελεγχόμενες με placebo δ) μέσα από την καθημερινή μαρτυρία γιατρών και ασθενών.

Το να γνωρίζουμε τον μηχανισμό δράσης ενός φαρμάκου ποτέ δεν υπήρξε (φαρμακολογικό) προαπαιτούμενο για την χρήση του. Ο μηχανισμός δράσης της γνωστής σε όλους μας ασπιρίνης, ενός από τα ευρύτερα χρησιμοποιούμενα φάρμακα παγκοσμίως, ανακαλύφθηκε μόλις το 1971. Επί εβδομήντα λοιπόν χρόνια χρησιμοποιούσαμε την ασπιρίνη χωρίς να ξέρουμε πως δρα. Ακόμα και σήμερα, πολλά από τα φάρμακα που δρουν στο νευρικό σύστημα δεν έχουν απόλυτα αποσαφηνισμένο μηχανισμό δράσης, ωστόσο, αυτό δεν εμποδίζει τη χρήση τους.
Παρόμοια και τα ομοιοπαθητικά φάρμακα, έχουν μια μακρά παράδοση χρήσης που μας οδήγησε σε μία κλινική κατανόηση του τί κάνουν -το πλέον σημαντικό για τους γιατρούς που τα χορηγούν και τους ασθενείς που τα λαμβάνουν-. Το θεωρητικό ερώτημα πώς το κάνουν, αφορά μόνο τους επιστήμονες-ερευνητές. Καθώς πολλοί ερευνητές ανά τον κόσμο ασχολούνται με αυτό το πολύ ενδιαφέρον ερώτημα, μεγάλη πρόοδος έχει ήδη σημειωθεί, ειδικά μετά την ανακάλυψη των νανοδομών και ‘τομέων συνοχής νερού’ (coherence domains).